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要删除苹果手机设置中的购买记录超过90天的交易记录，可以通过以下步骤进行。首先，需要明确的是，苹果设备上的iTunes购买记录是自动保存的，无法直接删除单条超过90天的记录。但如果想清空或管理这些记录，可以尝试以下方法。
1、通过iTunes清空购买记录：
打开iTunes。
点击账户图标。
登录Apple ID账户。
选择“查看我的账户”。
在“账户设置”页面，找到“购买历史记录”，点击“清除购买历史记录”。
确认并保存更改。
这样，超过90天的购买记录将被清空，但请注意，此操作不可逆，一旦执行，所有购买历史将被删除。
2、使用iCloud备份恢复手机并删除购买记录：如果设备上的购买记录较多且超过90天的记录较多，可以考虑使用iCloud备份恢复手机到一个没有这些购买记录的时间点，然后再重新同步最新的数据，但这种方法涉及到手机数据的恢复和同步，操作相对复杂。
3、联系苹果客服：如果以上方法均不可行或遇到困难，建议直接联系苹果客服寻求帮助，他们可能会提供更具体的解决方案或指导操作。
在进行任何操作之前，请确保备份所有重要数据以防丢失，由于软件和服务更新可能导致操作变化，建议根据当前的iOS版本和设备型号进行操作，以上方法仅供参考，具体操作可能因设备和版本而异。